Những hóa thạch cổ nhất của rết có niên đại từ 430 triệu năm về trước, vào khoảng kỷ Silur muộn.[11] Chúng thuộc về Phân ngành Nhiều chân (Myriapoda), trong đó bao gồm Diplopoda, Symphyla, và Pauropoda. Hóa thạch cổ xưa nhất của động vật trên đất liền là loài, Pneumodesmus newmani thuộc Phân ngành Nhiều chân. Rết cũng thuộc nhóm những động vật chiếm lĩnh đất liền sớm nhất và là nhóm động vật đầu tiên sinh sống trong một ổ sinh thái cơ sở với tư cách là loài săn mồi rộng sinh thái trong lưới thức ăn mùn bã. Hiện nay, số lượng và chủng loại rết rất phong phú và chúng tồn tại ngay ở những khu vực có điều kiện sống khắc nghiệt.

Tính trong phân ngành Nhiều chân, rết được cho là lớp đầu tiên phấn nhánh từ tổ tiên chung gần nhất. Hiện có 5 bộ rết: Craterostigmomorpha, Geophilomorpha, Lithobiomorpha, Scolopendromorpha, và Scutigeromorpha. 5 bộ này được gộp chung vào lớp Chân môi (Chilopoda) dựa theo các đặc tính dẫn xuất chia sẻ sau:[12]

1. Phần phụ miệng sau đầu thứ nhất được biến đổi thành dạng kìm chứa nọc độc.
2. Phần biểu bì trong thời kỳ bào thai ở cặp chân hàm (kìm độc) có một răng trứng.
3. Phần khớp giữa đốt chuyển và đốt dọc trước cố định.
4. Một rìa xoắn ốc tọa lạc tại nhân tinh trùng.

Về sau, lớp Chân môi/rết được chia làm hai nhánh: nhánh Notostigmomorpha bao hàm bộ Scutigeromorpha và nhánh Pleurostigmomorpha bao hàm 4 bộ khác. Sự khác biệt chính giữa hai nhánh này là Notostigmomorpha có lỗ thở nằm ở vùng lưng giữa. Trước đây, rết được tin tằng nên được chia thành cá nhóm Anamorpha (bao gồm bộ Lithobiomorpha và Scutigeromorpha) và nhóm Epimorpha (Geophilomorpha và Scolopendromorpha) dựa trên cách thức phát triển và tiến hóa, trong khi đó mối liên hệ với bộ Craterostigmomorpha chưa được rõ ràng. Các nghiên cứu phân loài học gần đây phân tích dựa trên các phân tử tổ hợp và các đặc tính về kiểu hình cho thấy kiểu phân loại trước đó dường như đúng hơn cả.[12] Nhóm Epimorpha vẫn được sử dụng với tư cách là một đơn ngành nằm trong nhóm Pleurostigmomorpha, nhưng Anamorpha là cận ngành.

Các loài rết thuộc bộ Geophilomorpha được sử dụng như và ví dụ về áp lực tiến hóa; tức là quá trình tiến hóa của một đặc tính - ở đây là số đốt của các thành viên trong bộ Geophilomorpha - chịu sức ép bởi phương thức phát triển. Các loài thuộc bộ này có số đốt khác nhau, nhưng, giống như các loài rết khác, số đốt và số cặp chân luôn là lẻ; cụ thể số đốt dao động trong khoảng 27-191 nhưng luôn là số lẻ.[13]